从1934年建校开始，我校就利用有限的条件保存档案资料，至今本科第一班毕业生的资料仍在档案馆保存。但是学校创建不久，由于日军侵华，战乱频仍，曾数迁校址以及遭受文化大革命的损毁和过去档案保存环境恶劣的原因，致使许多珍贵的历史资料散失，无法找回。有些史料被国内部分著名大学和图书馆收藏和永久保存，一本40年代出版的广西省立医学院的珍贵史料就永久保存在北京图书馆。

在党的十一届三中全会以后，各项工作逐步走上正轨，我校档案管理工作得到了学校的重视，收集和整理了多年积存的档案，实现分门别类，归档管理，方便查找和利用。为了加强档案工作，我校于1989年建立综合档案室。2006年4 月 11 日，将综合档案室、人事处人事档案室、学生工作处（部）学生档案室合并，成立广西医科大学档案馆。

综合档案管理于2001年获国家档案局颁发“科技事业单位档案管理国家二级”单位。干部人事档案管理于2008年2月获中共中央组织部授予“干部人事档案工作目标管理一级单位”。